1949年，西南科學先驅、華西協和大學美籍教授戴謙和在離開成都時說：“我們曾聯合中西同志，共同從事學術上之研究，以科學代替迷信，以友情代替歧視，以大同代替區域觀念，以合作代替斗爭……我們很快樂地在中國住了40年。”此前不久，他在一篇回憶文章中寫道：“40年來，我生活在充滿回憶的戲劇里，這戲劇是由中外人士通力演出的，莎士比亞所寫的劇本里的人物的生動，遠不如我40年里見到的那些有血有肉的真實人物。”
這生動的快樂很快將被粉碎。
1949年8月30日，毛澤東在《“友誼”，還是侵略？》一文中說：“美帝國主義比較其他帝國主義國家，在很長的時期內，更加注重精神侵略方面的活動，由宗教事業而推廣到‘慈善’事業和文化事業。據有人統計，美國教會、‘慈善’機關在中國的投資，總額達四千一百九十萬美元；在教會財產中，醫藥費占百分之十四點七，教育費占百分之三十八點二，宗教活動費占四十七點一。我國許多有名的學校如燕京、協和、匯文、圣約翰、金陵、東吳、之江、湘雅、華西、嶺南等，都是美國人設立的。”
翌年6月，朝戰爆發，10月，中國志愿軍參戰。國內反美情緒急劇高漲。共和國首任教育部長馬敘倫充分貫徹最高指示，表示要參考蘇聯，不再允許外國在中國境內辦學。
同年9月23日，中國基督教界與時俱進，發表宣言《防止帝國主義利用教會危害中國人民》，各教會大學校長紛紛簽名支持，展開“肅清美帝文化侵略影響”運動，從教授到學生紛紛聲討美帝的文化侵略。但這并不能改變教會大學的命運。
（輔仁大學舊址主樓樓門）
對教會大學的整治從輔仁大學開始，這所在中國極負盛名的教會大學于1950年10月被政府接管，兩年后并入北京師范大學。期間，輔仁大學校長、與陳寅恪齊名的史學家陳垣經歷了煉獄般的折磨。1952年3月6日，陳垣在《光明日報》發長文檢討，說自己出于“個人利益”，“二三十年來，做了帝國主義的俘虜，忠實地替帝國主義者奴役和麻醉青年，帝國主義就通過我，穩扎穩打來在學校里做著太上皇……而拿著武器，在最前線沖鋒陷陣的人，卻是自以為‘清高’的我”。陳垣的全面自污，贏得《人民日報》的稱贊，說他“誠懇老實，肯暴露自己的思想，檢討較深刻”。
（輔仁大學主校政者：校長陳垣（前左四）、校務長兼理學院院長奧圖爾神父（前中）、秘書長英千里（前右三）、文學院院長沈兼士（前右四）、教育學院院長張懷（前左三）等，皆系學術界知名人士。攝于1930年代。）
就在陳垣檢討前的4個月，1951年11月，中央政府頒布《關于處理接受美國津貼的文化教育機關的指示》，各教會大學被迫與國外教會脫離關系。但這同樣不能挽回它們終將消亡的命運。
1952年秋日，草木搖落而變衰。國家對各大高校院系進行大調整，許多綜合性大學都蒙受損失。此次院系調整將私立大學全部改為公立，還根據蘇聯教育模式設立大學結構，合并重組高校系科。院系調整中受傷最深的莫過于教會大學：所有教會大學悉數被解散，院系撤并到其他院校中，絕大部分外籍教員先后被遣送回國。
曾經草木茂盛的教會大學被無情拆分。比如，燕京大學的文科、理科等并入北大，工科并入清華，校址燕園劃入北大；圣約翰大學院系分別并入復旦、交大、同濟、華師大，原址上建起華東政法學院；之江大學院系并入浙大、同濟，在原址組建了浙江師范學院（杭州大學前身）。與之同樣命運的還有之江大學、東吳大學、輔仁大學、金陵大學、齊魯大學、滬江大學、震旦大學等教會大學。
成都的華西協和大學也在劫難逃。
1950年1月12日，成都市軍事管制委員會委派文教廳副廳長溫宗祺為組長的軍管小組對華大實行軍管，幫助學校開設馬列理論課，改組校董會，重組校務委員會，同意“師生職工有權建立自己的組織”，不過，這些組織“都應在共產黨統一領導下開展活動”。
同年底，華大學校經費全由中央政府負責，享受公立學校待遇。外籍人員不再擔任行政職務及校董。
1951年10月6日，華大正式被政府接辦，由“私立華西協和大學”更名為“華西大學”。
時任國家政務院副院長的郭沫若為華西大學題詞，內容竟是《共同綱領》中的“肅清封建的、買辦的、法西斯思想，發展為人民服務的思想”。其緊跟中央，對教會大學懲戒警告之意，溢于言表。
接下來，在1952年秋的院系調整中，華大被徹底肢解：文哲學院、博物館調整到了川大，社會學、人類學調整到了四川民族大學，理學院調整到了成都科技大學，農學系調整給了四川大學農學院（現在的四川農業大學）。華大上百位文、理名師也如星散落，各自去了其他院校或研究所。多年后，當年被調整到其他院校的一位老華大教授回憶往事時，不無悲哀：“好好的一個大學，怎么就這么被拆散了呢？這就像強行將一個家庭打碎、分開。我不能理解。”
1953年10月6日，衛生部決定，將華大再次更名，由“華西大學”更為“四川醫學院”。昔日堪稱亞洲一流綜合大學的華西協和大學，至此不復存在。
對中國教會大學的命運，亞洲基督教高等教育聯合董事會主席、在中國教會大學任教多年的芳威廉曾評論說：“在二十世紀上半葉劃下句號時，中國教會大學可以充滿驕傲回顧既往，也可以懷著足夠的自信看待現實，但是卻未必有對于未來的希望……建筑和設備仍然留存，教師可能在新的學校任職，但教會大學從此消逝。結局是悲劇性的，但故事本身并非悲劇。”
故事本身確乎并非悲劇，中國教會大學在近百年的發展中已然獲得舉世矚目的成就。畢業于金陵大學的當代歷史學者章開沅在《中國教會大學的歷史命運》一文中評論說，中國教會大學與非洲的教會學校相比，處于更高的教育層次，與印度的教會大學相比，它的量雖少而質更優，與日本的教會大學相比，它對公立大學更有競爭力。到1949年，中國有超過15%的畢業生來自教會大學。
教會大學對中國的貢獻，是培養了一大批有良好訓練且在社會各層面有很大影響的男性與女性，而這正是國家最需要他們的時候。中國教會大學的重要貢獻還在于增進東西方之間的相互了解與友誼。通過學校提供的語言、知識、價值和外國教職員，引進了西方許多好的東西。同時，也通過他們，中國的知識被翻譯和示范而介紹到西方。他們擔任精神和文化的使節，協助向東方解釋西方，向西方解釋東方。雖然受到帝國主義的牽連與外洋性格的妨礙，但作為西方文化的介紹者，他們參與了中國文化、社會和政治的偉大革命。
用這段禱詞來結束此文也許是合適的：“雖然不能證明，但我們能感覺到自己的不朽，我們能意識到生活并不像人們喜愛的戲劇那樣——善有善報、惡有惡報。我們每天都能看到毒蛇的智慧要比鴿子的溫柔更受青睞。盡管我們知道這一切，并一再地遭遇這一切，我們還是能感覺到一種使我們走向正義的命令，我們知道自己必須做一些具有永恒之美的舉動。我們知道今天的生活只是全部生活的一部分，今生的夢想只是孕育新生的前奏。”
